主要职责:
(一)贯彻执行道路水路运输行业法律法规、规章和政策，参与拟订相关政策、制度，参与编制全市道路水路运输发展规划和计划。
(二)承担全市客运出租、货运场站、机动车维修、道路运输从业人员、机动车驾驶员培训等道路运输行业的服务技术支撑和辅助工作
(三)承担全市地方海事、航道及有关航道设施、船舶检验、船员管理、救助打捞等水路运输行业的服务、技术支撑和辅助工作
(四)承担全市交通运输行业科技和信息化建设、管理与维护等技术支撑工作。
(五)承担全市各类重大运输服务保障工作。
(六)承担全市道路运输行业投诉、举报受理工作，提供电话咨询服务。
(七)承担鄂尔多斯市交通运输局交办的其他相关工作。
内设机构:
(一)办公室。承担中心日常运转，负责综合协调、文电、会议、机要、保密、信息、宣传、档案和后勤服务保障等工作。
(二)财务审计科。贯彻执行财务相关法律法规和规章制度;承担国有资产管理、专项资金管理、会计核算、预决算编制、预算执行和内部审计等工作。
(三)人事教育科。承担干部考核、选任、监督工作;承担职工队伍建设、机构编制、工资保险、职称评定、实绩考核、人事档案、离退休人员管理服务工作。承担职工培训计划、组织、实施和管理工作。承担中心纪检监察、党风廉政建设工作。
(四)法规安全科。贯彻执行道路运输行业服务方面的法律法规和政策;承担全市道路运输服务方面的政策研究工作提出有关建议;承担全市道路运输服务行业安全生产管理工作，承担道路运输行业综治和平安建设工作。参与道路运输安全生产事故调查处理工作，承担上级部门交办的交通战备工作。
(五)科技信息科，参与市交通运输系统信息化建设;承担全市道路运输行业有关统计、经济运行分析和信息发布工作;承担交通运输服务平台的使用、管理;承担通过信息平台指挥协调运输服务过程中出现的突发应急事件处置相关工作。
(六)客运出租科。承担各类重大客运服务保障工作;承担客运市场、城乡道路旅客运输、紧急运输、出租汽车、汽车租赁、客运枢纽场站建设等行政管理职能的技术支撑和辅助工作。
(七)货运机修科。承担各类重大货物运输服务保障工作;承担全市货运市场、紧急运输、物流园区、货运枢纽场站建设等行政管理职能的技术支撑和辅助工作。
分支机构：
鄂尔多斯市交通运输服务中心东胜区分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心达拉特旗分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心准格尔旗分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心伊金霍洛旗、鄂尔多斯市交通运输服务中心乌审旗分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心杭锦旗分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心鄂托克旗分中心。鄂尔多斯市交通运输服务中心鄂托克前旗分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心康巴什区分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心城市公共交通分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心运政培训分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心出行服务分中心、鄂尔多斯市交通运输服务中心水运海事分中心，均为相当于正科级公益一类事业单位。具体职能职责为:各旗区交通运输服务分中心。承担辖区内道路水路运输服务的技术支撑和辅助工作;承办上级部门交办的其他工作。城市公共交通分中心。承担对东胜区、康巴什区、伊金霍洛旗区域内公交运营线路规划、城市公交站点设置、城市公交运力投放等技术支撑和辅助性工作;参与研究制定全市城市公共交通发展规划等工作。运政培训分中心。承担机动车驾驶员培训和从业人员管理等技术支撑和辅助工作。出行服务分中心。承担道路运输有关法律、法规、规章、政策的咨询工作。开展全市客运、货运、出租、公交、机动车维修、驾培行业的违法违规、服务质量等行为的投诉、举报、反馈工作。水运海事分中心。承担全市水路运输、航道及有关航道设施、地方海事、船舶检验、船员管理、救助打捞等技术支撑和辅助工作。